|
بررسی بیان و عملکرد ژن HIF1 در سرطان معده بر اساس رویکردهای درون تراشه‌ای
|
مرضیه امینی قهفرخی    ، مریم کلانتری دهقی ، مجتبی عمادی بایگی* |
| ، emadi-m@sku.ac.ir |
|
|
چکیده: (11 مشاهده) |
چکیده فارسی
سابقه و هدف:
فاکتور 1 قابل القای هیپوکسی (HIF1) یک عامل رونویسی هترودیمر فعال‌شونده در شرایط هیپوکسی است که بیان ژن‌های سازگارکننده با این وضعیت را تنظیم می‌کند HIF1 .در تنظیم مسیرهای پاسخ به هیپوکسی، رگ‌زایی، گذار اپیتلیال-مزانشیمی (EMT) و متاستاز نقش کلیدی دارد. این مطالعه با هدف بررسی نقش HIF1 در تهاجم، EMT و پیشآگهی بیماران مبتلا به سرطان معده انجام شد.
مواد و روش:
مطالعه حاضر از نوع همگروهی گذشتهنگر محاسباتی (Retrospective cohort computational study) است که بر اساس دادههای بیان ژن و دادههای بالینی استخراج‌شده از پایگاه TCGA طراحی و اجرا شد. بیماران بر اساس میزان بیان HIF1 به دو گروه تقسیم شدند. تحلیل بیان متمایز ژن‌ها با بسته‌ی Limma، رگرسیون کاکس تک‌متغیره و چندمتغیره برای ارزیابی ارتباط با بقاء و تحلیل شبکه هم‌بیانی WGCNA جهت شناسایی ماژول‌های ژنی مرتبط با HIF1 انجام گردید. همچنین مسیرهای عملکردی با ابزار enrichR بررسی شدند. برای ارزیابی اثر HIF1 بر بقاء، از تحلیل کاپلان مایر و منحنی ROC استفاده شد. در نهایت، نوموگرام‌هایی بر پایه بیان HIF1 و دادههای بالینی برای پیش‌بینی بقاء طراحی گردیدند.
نتایج:
در مجموع 15060 ژن متمایز بین دو گروه بیان بالا و پایین شناسایی شد. از میان ژن‌های مرتبط با تهاجم و متاستاز، 10 ژن از جملهCD44 ، COL1A1، SLC12A3 و NT5E ارتباط معناداری با بقاء بیماران نشان دادند. ماژول آبی شناسایی‌شده در تحلیل WGCNA بیشترین همبستگی را با بیان HIF1 داشت و در مسیرهایی نظیر سیگنالینگ سایتوکین‌ها، پاسخ‌های ایمنی، تنظیم VEGF و سازماندهی ماتریکس خارج‌سلولی فعال بود. تحلیل بقاء نشان داد بیماران با بیان بالای HIF1 بقاء کوتاه‌تری دارند. مدل‌های پیش‌بینی بر پایه نوموگرام نیز دقت بالایی در پیش‌بینی بقاء 3 و 5 ساله بیماران داشتند.
نتیجه‌گیری:
یافته‌های این مطالعه نشان می‌دهد که HIF1 نه‌تنها در پیشرفت سرطان معده از طریق مسیرهای EMT، رگ‌زایی، متاستاز و التهاب نقش دارد، بلکه به‌عنوان یک نشانگر مستقل و قابل اعتماد برای پیش‌بینی بقاء نیز شناخته می‌شود. بنابراین، HIF1 می‌تواند به عنوان یک نشانگر پیشآگهی و هدف درمانی بالقوه مطرح شود و هدف‌گیری مسیرهای مرتبط با آن، چشم‌اندازهای نوینی در درمان شخصی‌سازی‌شده سرطان معده ایجاد کند.
|
|
| واژه‌های کلیدی: سرطان معده، HIF1، هیپوکسی، گذار اپیتلیال-مزانشیمی، تحلیل بقاء، بیان ژن ، نوموگرام، متاستاز |
|
|
|
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
عمومى
دریافت: 1404/4/27 | ویرایش نهایی: 1404/8/12 | پذیرش: 1404/8/3
|
|
|
|
|
|
|
| ارسال پیام به نویسنده مسئول |
|
|
|
| ارسال نظر درباره این مقاله |
|
|
|
_-_Copy.png)
.png){kind=logo}
