[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره مجله :: شماره جاری :: تمام شماره‌ها :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
بخش‌های اصلی
صفحه اصلی::
اطلاعات نشریه::
بانک‌ها و نمایه‌ها::
آرشیو مجله و مقالات::
برای نویسندگان::
اخلاق در پژوهش::
برای داوران::
تسهیلات پایگاه::
تماس با ما::
هوش مصنوعی::
::
Basic and Clinical Biochemistry and Nutrition
..
DOAJ
..
CINAHL
..
EBSCO
..
IMEMR
..
ISC
..
جستجو در پایگاه

جستجوی پیشرفته
..
دریافت اطلاعات پایگاه
نشانی پست الکترونیک خود را برای دریافت اطلاعات و اخبار پایگاه، در کادر زیر وارد کنید.
..
enamad
..
:: دوره 29، شماره 6 - ( دوماه نامه 1404 ) ::
جلد 29 شماره 6 صفحات 565-551 برگشت به فهرست نسخه ها
سنجش بیان و عملکرد ژن HIF1α در سرطان معده بر اساس رویکردهای درون تراشه‌ای
مرضیه امینی قهفرخی ، مریم کلانتری دهقی ، مجتبی عمادی بایگی*
گروه ژنتیک، دانشکده علوم پایه، دانشگاه شهرکرد، شهرکرد، ایران ، emadi-m@sku.ac.ir
چکیده:   (778 مشاهده)
زمینه و هدف: فاکتور اﻟﻘﺎیﯽ ﻫﺎیﭙﻮﮐﺴﯽ یﮏ آﻟﻔﺎ (HIF1α) یک عامل رونویسی هترودیمر فعال­‌شونده در شرایط هیپوکسی است که بیان ژن­‌های سازگارکننده با این وضعیت را تنظیم می‌­کند. HIF1α در تنظیم مسیرهای پاسخ به هیپوکسی، رگ‌زایی، گذار اپیتلیال-مزانشیمی (EMT) و متاستاز نقش کلیدی دارد. این مطالعه با هدف ارزیابی نقش HIF1α در تهاجم، EMT و پیش‌­آگهی بیماران مبتلا به سرطان معده انجام شد.
روش‌ها: در این مطالعه هم‌گروهی گذشته‌نگر محاسباتی، از داده‌های بیان ژن و بالینی مربوط به بیماران سرطان معده از پایگاه داده TCGA استفاده شد. بیماران بر اساس سطح بیان ژنHIF1α  به دو گروه بیان بالا و پایین تقسیم شدند. تحلیل تفاوت بیان ژن‌ها با استفاده از بسته limma، تحلیل بقا به روش کاپلان-مایر و رگرسیون کاکس (تک‌متغیره و چندمتغیره)، تحلیل شبکه هم‌بیانی وزندار (WGCNA) برای شناسایی ماژول‌های ژنی مرتبط، و غنی‌سازی مسیرهای عملکردی باenrichR  انجام گرفت. همچنین، برای ارزیابی توانایی پیش‌بینی، از منحنی ROC و نوموگرام‌های ترکیبی ساخته‌شده بر پایه بیان HIF1α و متغیرهای بالینی استفاده شد.
یافته‌ها: در مجموع 15060 ژن متمایز بین دو گروه بیان بالا و پایین شناسایی شد. از میان ژن­‌های مرتبط با تهاجم و متاستاز، 10 ژن از جملهCD44 ، COL1A1، SLC12A3 و NT5E ارتباط معناداری با بقاء بیماران نشان دادند. ماژول آبی شناسایی­‌شده در تحلیل WGCNA بیشترین همبستگی را با بیان HIF1α داشت و در مسیرهایی نظیر سیگنالینگ سایتوکین­‌ها، پاسخ‌­های ایمنی، تنظیم VEGF و سازماندهی ماتریکس خارج‌سلولی فعال بود. تحلیل بقاء نشان داد بیماران با بیان بالای HIF1α بقاء کوتاه‌­تری دارند. مدل­‌های پیش­‌بینی بر پایه نوموگرام نیز دقت بالایی در پیش‌­بینی بقاء 3 و 5 ساله بیماران داشتند.
نتیجه‌گیری: یافته‌ها نشان می‌دهد که HIF1α نه تنها از طریق تنظیم مسیرهایEMT، رگ‌زایی و التهاب در پیشرفت سرطان معده نقش ایفا می‌کند، بلکه به عنوان یک نشانگر مولکولی مستقل با ارزش پیش‌آگهی قوی نیز عمل می‌کند. بنابراین،HIF1α  می‌تواند هم به عنوان یک بیومارکر پیش‌آگهی‌دهنده و هم به عنوان یک هدف درمانی امیدبخش برای رویکردهای درمانی شخصی‌شده در سرطان معده مورد توجه قرار گیرد.

 
واژه‌های کلیدی: سرطان معده، HIF1α، هیپوکسی، گذار اپیتلیال-مزانشیمی، تحلیل بقاء
متن کامل [PDF 1167 kb]   (63 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: عمومى
دریافت: 1404/4/27 | ویرایش نهایی: 1404/10/17 | پذیرش: 1404/8/3 | انتشار: 1404/10/9
فهرست منابع
1. Morgan E, Arnold M, Camargo MC, Gini A, Kunzmann AT, Matsuda T, et al. The current and future incidence and mortality of gastric cancer in 185 countries, 2020-40: A population-based modelling study. EClinicalMedicine. 2022; 47. doi.10.1016/j.eclinm.2022.101404 PMid:35497064 PMCid:PMC9046108
2. Bray F, Laversanne M, Sung H, Ferlay J, Siegel RL, Soerjomataram I, et al. Global cancer statistics 2022: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries. CA Cancer J Clin. 2024; 74(3): 229-63. doi.10.3322/caac.21834 PMid:38572751
3. Mocan L. Surgical Management of Gastric Cancer: A Systematic Review. J Clin Med. 2021; 10(12): 2557. doi.10.3390/jcm10122557 PMid:34207898 PMCid:PMC8227314
4. Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive molecular characterization of gastric adenocarcinoma. Nature. 2014; 513(7517): 202-9. doi.10.1038/nature13480 PMid:25079317 PMCid:PMC4170219
5. Bardakçi M, Ergun Y. Immunotherapy in gastric cancer with liver metastasis: Challenges and opportunities. World J Gastrointest Surg. 2024; 16(6): 1513-6. doi.10.4240/wjgs.v16.i6.1513 PMid:38983315 PMCid:PMC11230037
6. Guan WL, He Y, Xu RH. Gastric cancer treatment: recent progress and future perspectives. J Hematol Oncol. 2023; 16(1):57. doi.10.1186/s13045-023-01451-3 PMid:37245017 PMCid:PMC10225110
7. Qian CN, Mei Y, Zhang J. Cancer metastasis: issues and challenges. Chin J Cancer. 2017; 36(1): 38. doi.10.1186/s40880-017-0206-7 PMid:28372569 PMCid:PMC5379757
8. Lee WC, Kopetz S, Wistuba II, Zhang J. Metastasis of cancer: when and how? Ann Oncol. 2017; 28(9): 2045-7. doi.10.1093/annonc/mdx327 PMid:28911075
9. López MJ, Carbajal J, Alfaro AL, Saravia LG, Zanabria D, Araujo JM, et al. Characteristics of gastric cancer around the world. Crit Rev Oncol Hematol. 2023; 181: 103841. doi.10.1016/j.critrevonc.2022.103841 PMid:36240980
10. Bast RCJ, Croe CM, Hait WN, Hong WK, Kufe DW, Piccart-Gebhart M, et al. Holland-Frei Cancer Medicine. Somerset: John Wiley & Sons, Incorporated; 2017. doi.10.1002/9781119000822
11. Meirson T, Gil-Henn H, Samson AO. Invasion and metastasis: the elusive hallmark of cancer. Oncogene. 2020; 39(9): 2024-6. doi.10.1038/s41388-019-1110-1 PMid:31745295
12. Singh M, Yelle N, Venugopal C, Singh SK. EMT: Mechanisms and therapeutic implications. Pharmacol Ther. 2018;182:80-94. doi.10.1016/j.pharmthera.2017.08.009PMid:28834698
13. Huang Y, Hong W, Wei X. The molecular mechanisms and therapeutic strategies of EMT in tumor progression and metastasis. J Hematol Oncol. 2022; 15(1): 129. doi.10.1186/s13045-022-01347-8 PMid:36076302 PMCid:PMC9461252
14. Gao T, Li J zhi, Lu Y, Zhang C ying, Li Q, Mao J, et al. The mechanism between epithelial mesenchymal transition in breast cancer and hypoxia microenvironment. Biomed Pharmacother. 2016; 80: 393-405. doi.10.1016/j.biopha.2016.02.044 PMid:27133080
15. Shi R, Liao C, Zhang Q. Hypoxia-Driven Effects in Cancer: Characterization, Mechanisms, and Therapeutic Implications. Cells. 2021; 10(3):678. doi.10.3390/cells10030678 PMid:33808542 PMCid:PMC8003323
16. Zhang Y, Yapryntseva MA, Vdovin A, Maximchik P, Zhivotovsky B, Gogvadze V. Modeling hypoxia facilitates cancer cell survival through downregulation of p53 expression. Chem Biol Interact. 2021;345:109553. doi.10.1016/j.cbi.2021.109553 PMid:34126102
17. Nowak E, Bednarek I. Aspects of the Epigenetic Regulation of EMT Related to Cancer Metastasis. Cells. 2021;10(12):3435. doi.10.3390/cells10123435 PMid:34943943 PMCid:PMC8700111
18. Wigerup C, Påhlman S, Bexell D. Therapeutic targeting of hypoxia and hypoxia-inducible factors in cancer. Pharmacol Ther. 2016;164:152-69. doi.10.1016/j.pharmthera.2016.04.009 PMid:27139518
19. Liberzon A, Birger C, Thorvaldsdóttir H, Ghandi M, Mesirov JP, Tamayo P. The Molecular Signatures Database Hallmark Gene Set Collection. Cell Syst. 2015;1(6):417-25. doi.10.1016/j.cels.2015.12.004 PMid:26771021 PMCid:PMC4707969
20. Frontiers CHG: A Systematically Integrated Database of Cancer Hallmark Genes [Internet]. [cited 2025 June 5].
21. COSMIC: the Catalogue of Somatic Mutations in Cancer Nucleic Acids Research Oxford Academic [Internet]. [cited 2025 June 5].
22. Stelzer G, Rosen N, Plaschkes I, Zimmerman S, Twik M, Fishilevich S, et al. The GeneCards Suite: From Gene Data Mining to Disease Genome Sequence Analyses. Curr Protoc Bioinforma. 2016; 54(1). doi.10.1002/cpbi.5 PMid:27322403
23. Yuan H, Yan M, Zhang G, Liu W, Deng C, Liao G, et al. CancerSEA: a cancer single-cell state atlas. Nucleic Acids Res. 2019; 47(D1): D900-8. doi.10.1093/nar/gky939 PMid:30329142 PMCid:PMC6324047
24. 24. Tong F, Xu L, Xu S, Zhang M. Identification of an autophagy-related 12-lncRNA signature and evaluation of NFYC-AS1 as a pro-cancer factor in lung adenocarcinoma. Front Genet. 2022;13. doi.10.3389/fgene.2022.834935 PMid:36105077 PMCid:PMC9466988
25. DiLeo MV, Strahan GD, Bakker M den, Hoekenga OA. Weighted Correlation Network Analysis (WGCNA) Applied to the Tomato Fruit Metabolome. PLOS ONE. 2011;6(10):e26683. doi.10.1371/journal.pone.0026683 PMid:22039529 PMCid:PMC3198806
26. Hou W, Kong L, Hou Z, Ji H. CD44 is a prognostic biomarker and correlated with immune infiltrates in gastric cancer. BMC Med Genomics. 2022;15(1):225. doi.10.1186/s12920-022-01383-w PMid:36316684 PMCid:PMC9620622
27. Liang G, Li S, Du W, Ke Q, Cai J, Yang J. Hypoxia regulates CD44 expression via hypoxia-inducible factor-1α in human gastric cancer cells. Oncol Lett. 2017;13(2):967-72. doi.10.3892/ol.2016.5473 PMid:28356986 PMCid:PMC5351347
28. HIF1A Overexpression Is Associated with Poor Prognosis in a Cohort of 731 Colorectal Cancers. Am J Pathol. 2010; 176(5): 2292-301. doi.10.2353/ajpath.2010.090972 PMid:20363910 PMCid:PMC2861094
29. Braicu EI, Luketina H, Richter R, Cacsire Castillo-Tong D, Lambrechts S, Mahner S, et al. HIF1α is an independent prognostic factor for overall survival in advanced primary epithelial ovarian cancer - a study of the OVCAD Consortium. OncoTargets Ther. 2014;7: 1563-9. doi.10.2147/OTT.S65373 PMid:25246800 PMCid:PMC4166345
30. Chen J, Fu Y, Hu J, He J. Hypoxia-related gene signature for predicting LUAD patients' prognosis and immune microenvironment. Cytokine. 2022; 152: 155820. doi.10.1016/j.cyto.2022.155820 PMid:35176657
31. Sun Y, Li Y, Wu J, Tian H, Liu H, Fang Y, et al. Nomograms for prediction of overall and cancer-specific survival in young breast cancer. Breast Cancer Res Treat. 2020;184(2):597-613. doi.10.1007/s10549-020-05870-5 PMid:32886273
32. Liang W, Zhang L, Jiang G, Wang Q, Liu L, Liu D, et al. Development and Validation of a Nomogram for Predicting Survival in Patients With Resected Non-Small-Cell Lung Cancer. J Clin Oncol. 2015;33(8): 861-9. doi.10.1200/JCO.2014.56.6661PMid:25624438
33. Tian H, Shi H, Yu J, Ge S, Ruan J. Biophysics Role and Biomimetic Culture Systems of ECM Stiffness in Cancer EMT. Glob Chall. 2022; 6(6): 2100094. doi.10.1002/gch2.202100094 PMid:35712024 PMCid:PMC9189138
34. Manuelli V, Pecorari C, Filomeni G, Zito E. Regulation of redox signaling in HIF-1-dependent tumor angiogenesis. FEBS J. 2022;289(18):5413-25. doi.10.1111/febs.16110 PMid:34228878
35. D'Ignazio L, Batie M, Rocha S. Hypoxia and Inflammation in Cancer, Focus on HIF and NF-κB. Biomedicines. 2017; 5(2): 21. doi.10.3390/biomedicines5020021 PMid:28536364 PMCid:PMC5489807
36. McGettrick AF, O'Neill LAJ. The Role of HIF in Immunity and Inflammation. Cell Metab. 2020; 32(4): 524-36. doi.10.1016/j.cmet.2020.08.002 PMid:32853548
37. Malkov MI, Lee CT, Taylor CT. Regulation of the Hypoxia-Inducible Factor (HIF) by Pro-Inflammatory Cytokines. Cells. 2021;10(9):2340. doi.10.3390/cells10092340 PMid:34571989 PMCid:PMC8466990
38. Tamura R, Tanaka T, Akasaki Y, Murayama Y, Yoshida K, Sasaki H. The role of vascular endothelial growth factor in the hypoxic and immunosuppressive tumor microenvironment: perspectives for therapeutic implications. Med Oncol. 2019; 37(1):2 .doi.10.1007/s12032-019-1329-2 PMid:31713115
39. Chen L, Lin G, Chen K, Liang R, Wan F, Zhang C, et al. VEGF promotes migration and invasion by regulating EMT and MMPs in nasopharyngeal carcinoma. J Cancer. 2020; 11(24): 7291-301. doi.10.7150/jca.46429 PMid:33193893 PMCid:PMC7646165
40. Hashimoto Y, Tsuzuki-Nakao T, Kida N, Matsuo Y, Maruyama T, Okada H, et al. Inflammatory Cytokine-Induced HIF-1 Activation Promotes Epithelial-Mesenchymal Transition in Endometrial Epithelial Cells. Biomedicines. 2023;11(1):210. doi.10.3390/biomedicines11010210 PMid:36672719 PMCid:PMC9855875
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Amini-Ghahfarokhi M, Kalantari-Dehaghi M, Emadi-Baygi M. Assessment of HIF1α gene expression and function in gastric cancer using in silico approaches. Feyz Med Sci J 2025; 29 (6) :551-565
URL: http://feyz.kaums.ac.ir/article-1-5374-fa.html

امینی قهفرخی مرضیه، کلانتری دهقی مریم، عمادی بایگی مجتبی. سنجش بیان و عملکرد ژن HIF1α در سرطان معده بر اساس رویکردهای درون تراشه‌ای. مجله علوم پزشکی فيض. 1404; 29 (6) :551-565

URL: http://feyz.kaums.ac.ir/article-1-5374-fa.html



Creative Commons License
This open access journal is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial ۴.۰ International License. CC BY-NC ۴. Design and publishing by Kashan University of Medical Sciences.
Copyright ۲۰۲۳© Feyz Medical Sciences Journal. All rights reserved.
دوره 29، شماره 6 - ( دوماه نامه 1404 ) برگشت به فهرست نسخه ها
مجله علوم پزشکی فیض Feyz Medical Sciences Journal
Persian site map - English site map - Created in 0.12 seconds with 46 queries by YEKTAWEB 4735