Feyz Medical Sciences Journal
مجله علوم پزشکی فيض
Feyz
Medical Sciences
http://feyz.kaums.ac.ir
29
journal29
1029-7855
2008-9821
fa
jalali
1400
12
1
gregorian
2022
3
1
26
1
online
1
fulltext
fa
طراحی in silico و تأیید in vitro برای siRNA هدف گیرنده ژن PTX3 در رده سلولی گلیوما
In Silico design and in vitro validation for siRNA targeting PTX3 gene in glioma cell line
medicine, paraclinic
medicine, paraclinic
پژوهشي
Research
<div style="text-align: justify;"><span style="color:#000000;"><span style="font-size:12pt"><span style="line-height:normal"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><strong><span b="" style="font-family:" zar="">سابقه و هدف:</span></strong><span b="" lotus="" style="font-family:"><strong> </strong>شناسایی مکانیسمهای زمینهای پاتوژنز گلیوما از اهمیت ویژهای برخوردار است. بیان بیش از حدّ ژن </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt">PTX3</span><span style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> عمیقاً در پاتوژنز گلیوما نقش دارد. سرکوب بیان ژن هدف بر پایه تداخل </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt">RNA</span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> (</span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt">RNAi</span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:">) ازطریق مولکولهای </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt">RNA</span><span style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> دورشتهای ازجمله </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt">siRNA</span><span style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> میتواند بهعنوان یک ابزار درمانی برای خاموشی انکوژن استفاده شود. هدف مطالعه حاضر، القای آپوپتوز در رده سلولی گلیومای </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt">U-87</span><span style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> با سرکوب ژن </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt">PTX3</span><span style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> است.</span></span></span></span></span></span></span><br>
<span style="font-size:11pt"><span style="line-height:normal"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span calibri="" style="font-family:"><span lang="AR-SA" style="font-size:9.0pt"><strong><span b="" style="font-family:" zar="">مواد و روشها:</span></strong><span b="" lotus="" style="font-family:"> انواع روشها</span></span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:">ی </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">in silico</span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> برای طراحی </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">siRNA</span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> در برابر ژن </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">PTX3</span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> استفاده شد، سپس امتیازبندی طبق قوانین طراحی صورت گرفت. بهترین مولکول </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">siRNA</span></span><span style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> علیه ژن </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">PTX3</span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> انتخاب و همچنین </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">siRNA</span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> درهمریخته آن نیز طراحی و کارایی خاموشکردن </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">PTX3</span></span><span style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> در سلولهای </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">U-87</span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> توسط </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Real-time PCR</span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> ارزیابی شد. همچنین میزان مرگ سلولهای ترنسفکتشده با گروههای کنترل توسط فلوسایتومتری مقایسه شد تا اثر کاهش بیان </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">PTX3</span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> بر آپوپتوز سلولی بررسی شود.</span></span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span style="font-family:"B Lotus""></span></span></span></span></span></span></span><br>
<span style="font-size:12pt"><span style="line-height:normal"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><strong><span b="" style="font-family:" zar="">نتایج:</span></strong><span b="" lotus="" style="font-family:"><strong> </strong>53 مولکول </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt">PTX3-siRNA</span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> طراحیشده از جهات گوناگون، بررسی و امتیازدهی و بهترین موارد جهت استفاده در تحقیقات سرکوب بیان ژن </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt">PTX3</span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> پیشنهاد شدند. تیمار 72 ساعته سلولهای </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt">U-87</span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> با </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt">PTX3-siRNA</span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> طراحیشده در غلظت 100 نانومولار قادر به کاهش بیان </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt">PTX3</span><span style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> به میزان 69</span></span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span majalla="" sakkal="" style="font-family:"> د</span><span b="" lotus="" style="font-family:">رصد بود. نتایج فلوسایتومتری نیز نشانگر القای آپوپتوز در 65 درصد سلولها بود.</span></span></span></span></span></span></span><br>
<span style="font-size:12pt"><span style="line-height:normal"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><strong><span b="" style="font-family:" zar="">نتیجهگیری:</span></strong><span b="" lotus="" style="font-family:"> کارآیی </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt">siRNA</span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> طراحیشده با روش </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt">in vitro</span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> تأیید شد که بر کاهش بیان ژن </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt">PTX3</span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> و القای آپوپتوز در سلولهای گلیوما </span></span><span dir="LTR" style="font-size:9.0pt">U-87</span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> تأثیر قابلملاحظهای داشت.</span></span></span></span></span></span></span></span></div>
<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:11px;"><span style="color:#000000;"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" times=""><b>Background:</b> Identification of underlying mechanisms of gliomas pathogenesis is of particular importance. The overexpression of PTX3 gene is profoundly implicated in glioma development. The RNA interference (RNAi)-based knockdown of target gene by means of double-stranded RNA molecules including siRNA can be harvested as a therapeutic tool for oncogene silencing. The present study aimed to induce apoptosis in U-87 glioma cell line by knockdown of PTX3 gene.</span></span><br>
<span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" times=""><b>Materials and Methods:</b> A variety of in silico methods were applied for siRNA design to silence PTX3 gene. Scoring of candidate siRNAs was performed according to design rules. The best siRNA against the PTX3 gene as well as scrambled siRNA were selected. The efficacy of PTX3 silencing in the U-87 cells was evaluated by Real‐time PCR assay. To assess the effect of PTX3 knock down on cellular apoptosis, the mortality rate of transfected cells was compared with control groups by flow cytometry.</span></span><br>
<span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" times=""><b>Results:</b> Designed PTX3‐siRNAs (<i>n</i>=53) were assessed and scored from different aspects and the best one was suggested in PTX3 gene expression knockdown assay. The 72-hour treatment of U-87 cells with designed PTX3‐siRNA in 100 nM concentration affected the gene expression by decreasing to 69%. Flowcytometry results indicated the induction of apoptosis in 65% of the cells.</span></span><br>
<span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" times=""><b>Conclusion:</b> The efficiency of designed siRNA was approved in vitro, with significant effect on the downregulation of PTX3 gene and induction of apoptosis in U-87 glioma cells. Based on our finding, targeting PTX3 via siRNA can be considered as an anti-cancer strategy.</span></span></span></span></div>
PTX3, گلیوما, siRNA, آپوپتوز, U-87
PTX3, Glioma, siRNA, Apoptosis, U-87
9
21
http://feyz.kaums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-4111-1&slc_lang=fa&sid=1
Reza
Ahmadi-Beni
رضا
احمدی بنی
reza.ahmadi@modares.ac.ir
2900319475328460036405
2900319475328460036405
No
Department of Medical Genetics, Faculty of Medical Sciences, Tarbiat Modares University, Tehran, I.R. Iran.
گروه ژنتیک پزشکی، دانشکده علوم پزشکی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران
Shirin
Shahbazi
شیرین
شهبازی
sh.shahbazi@modares.ac.ir
2900319475328460036406
2900319475328460036406
Yes
Department of Medical Genetics, Faculty of Medical Sciences, Tarbiat Modares University, Tehran, I.R. Iran.
گروه ژنتیک پزشکی، دانشکده علوم پزشکی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران
Alireza
Khoshnevisan
علیرضا
خوشنویسان
akhoshnevisan@tums.ac.ir
2900319475328460036407
2900319475328460036407
No
Department of Neurosurgery, Shariati Hospital, Tehran University of Medical Sciences, Tehran, I.R. Iran.
گروه جراحی مغز و اعصاب، بیمارستان شریعتی، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران
Javad
Behroozi
جواد
بهروزی
J.behroozi@modares.ac.ir
2900319475328460036408
2900319475328460036408
No
Research Center for Cancer Screening and Epidemiology, AJA University of Medical Sciences, Tehran, I.R. Iran.
مرکز تحقیقات اپیدمیولوژی و پایش سرطان، دانشگاه علوم پزشکی ارتش، تهران، ایران